Comme son nom l'indique, ce petit village est situé à 997 mètres d'altitude sur la rive droite du lac Saint-Point, le point culminant de la commune étant de 1107m.

Le territoire communal se développe entre le lac et la RN 57, grande voie de passage Pontarlier-Vallorbe, plus connue sous le nom de "la Combe".

Montperreux se surnomme aussi le "balcon du lac" puisqu'il surplombe le Lac Saint Point.

Un belvédère donnant sur l'ance de Chaon, et l'ensemble de la vallée des 2 lacs, a été édifié à côté d'une petite chapelle du XVe siècle et de l'espace loisir construit en 1998 pour les différentes manifestations estivales.

Sur les marges du territoire communal se trouvent , à l'ouest, accessible par la RD 437 la Source Bleue qui a inspiré un tableau à Gustave Courbet.

Accessible par la RN 57, Fontaine Ronde est une source intermittante dont le niveau varie d'au moins 5 cm en quelques minutes.

Pendant la période de montée des eaux, on peut remarquer un bouillonnement de toute part au fond du bassin; ce sont des bulles de gaz carbonique.

Avant le percement du tunnel du Mont d'Or en 1911, le phénomène était plus important et assez spéctaculaire pour déplacer les curieux. Ceux-ci étaient tellement nombreux que le prefet du Doubs, M. le Comte de Milon, a fait aménager une chaussée de pierres taillées pour en faciliter l'accès.

De petites sources fort modestes, comme celles de la Millière, des Préslets ou des Montzans, alimentent des ruisselets qui se jettent dans le lac.

La commune est composée de 3 villages Montperreux, Chaon et Chaudron et de 2 lieux-dits "Source Bleue" et "Grange Colin".
c'est un site classé depuis le 27 décembre 1913, à l'est, le ruisseau de Fontaine-Ronde qui est lui aussi un site protégé.