Par arrêté du 21 Juin 1999, la Communauté de Communesdu Mont d'Or et des Deux Lacs s'est dotée de la compétence assainissement dès sa création au 1er janvier 2000, en complément des compétences obligatoires.

Cette décision s'inscrit directement dans la suite de l'implication du SIVOM, et reflète la volonté ancienne de maîtrise de l'assainissement sur le territoire spécifique de la Communauté de Communes. Le cadre choisi pour l'exercice de la compétence reprend l'ensemble des activités liées à l'assainissement : la collecte, le transport et le traitement des eaux usées, ainsi que le transport et le rejet dans le milieu naturel des eaux pluviales.
Ce choix permet de limiter les intervenants et de gérer complètement le domaine de l'assainissement.

Les réseaux de collecte et de transport représente environ 240kms de réseaux, de diamètre et matériaux divers (amiante ciment, pvc, fonte, béton), sur des secteurs parfois très sensibles (ceinture du lac, zones humides …).
Le traitement des effluents domestiques est effectué par le biais de 3 stations d'épuration situées à Jougne, Métabief et Les Longevilles-Mont-D'Or.

Les trois stations sont de type différents, et conçus pour répondre aux fluctuations des populations liées à l'activité touristique. Les eaux usées des agglomérations riveraines du lac Saint Point sont traitées à la station d'épuration de Doubs par le biais d'un collecteur complexe munis de 9 postes de refoulement.
L'objectif lié à la compétence assainissement est la surveillance, l'entretien et la modernisation régulière du réseau pour répondre à la législation en vigueur, et s'assurer de la pérennité des ouvrages.

Le financement du service et des travaux effectués est en partie assuré par le biais des taxes de branchement (Participation aux Réseaux d'Égouts) et redevances assainissement fixées par le règlement d'assainissement, mais également grâce auxaides accordées sur les projets par le Conseil Général et l'Agence de l'Eau Rhône-Méditerranée-Corse.
Les services de l'Etat (police de l'eau) et du Conseil Général (Satese) sont égalementprésents pour conseiller les collectivités et contrôler la gestion des systèmes.